Esta iniciativa é implementada em nome das Comissões da União Europeia e da União Africana pelas seguintes instituições:

• O ‘OBREAL Global Observatory’ (OBREAL GLOBAL),é a organização coordenadora da Iniciativa HAQAA2. É uma organização formada por membros de várias instituições académicas e de pesquisa de carácter internacional. Entre os sócios de OBREAL Global incluem-se investigadores individuais e profissionais da Europa, da América Latina, do Médio Oriente, de África e da Ásia. OBREAL Global, como coordenadora da HAQAA2, proporciona uma vasta experiência na gestão de projetos da EU, incluindo a sua rede global de membros.   OBREAL Global garante a continuidade da HAQAA1 trazendo uma equipe semelhante de especialistas e gestores de projetos.
• A AAU é o único organismo panregional que representa as universidades africanas nos cinco continentes. É o órgão de execução oficial da estratégia da Comissão da União Africana para a Harmonização do Ensino Superior Africano e acolhe o secretariado da AfriQAN desde 2007. A AAU dará o seu apoio ao desenvolvimento da qualidade institucional, bem como à definição de políticas em matéria de harmonização do ensino superior. A AAU está criando um novo plano estratégico (2020-2025) no qual se publicam os resultados principais da Agenda 2063 (a África que queremos) e do CESA. A AAU é também responsável pela implementação e promoção do Mecanismo Africano de Classificação da Qualidade (AQRM) – uma ferramenta do PAQAF – como determina a Comissão da União Africana.
• A DAAD demonstrou um enorme apoio na internacionalização do ensino superior na Alemanha e por uma grande aposta estratégica na cooperação para o desenvolvimento no ensino superior.  A DAAD tem uma longa experiência na África e é uma das únicas agências europeias de ensino superior que, durante os últimos anos, dedicou esforços na formação de qualidade no ensino superior em diferentes regiões africanas. A DAAD apoiou tanto a Comunidade da África Oriental como a África Ocidental e Central para avançar na definição e aplicação de diretrizes regionais de garantia da qualidade e no desenvolvimento de capacidades das agências e instituições de qualidade. Por exemplo, a DAAD acaba de lançar um programa de formação em garantia da qualidade na região da SADC, que pode complementar as atividades da Iniciativa HAQAA2.
• A ENQA reúne as agências de garantia da qualidade no Espaço Europeu do Ensino Superior, além de ser membro consultivo e participar em vários grupos de trabalho do Grupo de Acompanhamento de Bolonha (BFUG). A ENQA também participa no diálogo global e no desenvolvimento de capacidades sobre a garantia da qualidade. A ENQA coordenou o grupo de trabalho técnico que criou o ASG-QA e a metodologia de revisão na primeira fase do HAQAA. ENQA também foi responsável pelas avaliações e visitas de consultoria de agências-piloto de garantia da qualidade externas.